電導率過高：EDI膜堆對進水水質有嚴格要求，理想的電導率范圍應在1-10μs/cm。若進水電導率過高，會導致EDI處理效果不佳，從而影響產水水質。

離子含量超標：進水中碳酸鈣等離子的含量需嚴格控制，一般不超過1.0ppm。此外，鐵、錳、硫化物等微量元素含量也應小于0.01 ppm。這些離子在膜堆中積累會影響產水質量。

氯含量過高：Zui大總氯含量（Cl2）應小于0.02 ppm。氯是強氧化劑，可能破壞EDI膜堆中的樹脂，從而影響水質。

溫度與壓力不適：進水溫度應控制在5-25℃之間，壓力應在0.1-0.3MPa之間。超出這些范圍可能會影響EDI膜堆的處理效果和產水質量。

有機物含量：溶解有機物（TOC）應小于0.5 ppm。過多的有機物可能在膜堆中滋生微生物，影響水質。

未及時清洗：EDI膜堆在長期運行過程中會積累雜質，若未及時清洗，會導致膜堆堵塞，影響產水水質和產水量。

操作不當：操作人員的失誤，如維護不當、功率使用不當等，都可能導致EDI膜堆的出水效率下降，從而影響水質。

電流過大：EDI膜堆長時間處于大電流運行狀態下，可能導致極板側聚集的熱量無法釋放，進而使膜片和隔網發熱變形，增加濃水壓差，降低水質和產水量。

硬件缺失：部分EDI膜堆系統因成本考慮可能去除了部分硬件，如未安裝電動供水閥等，這可能導致水質下降。

系統調試不當：新系統調試期間可能出現正負電極顛倒等問題，導致離子移回濃縮室而非淡水室，從而影響水質。

水質波動：若進水水質波動較大（包括水量和水質），可能影響EDI膜堆的穩定運行和產水水質。

長時間停機：系統長時間停止運行后重新啟動時，由于樹脂已飽和，無法有效吸收水中的離子，導致水質電阻率降低。